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11主要组织相容性复合体

Helmberg

总结

其中一个最深入的研究区域的人类基因组是主要组织相容性复合体(MHC是一组在染色体6短臂上约占46碱基的一组基因。已知的MHC基因在人类身上,作为人类白细胞抗原(HLA基因,是这样的高度多态病毒和编码分子参与免疫反应。MHC数据库
dbMHC],[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mhc被设计为一种HLA社区可以提交、编辑、观点,交流MHC的数据中立的平台,目前,它由一个相关基因的互动对准的视角,MHC微相关基因数据库(dbMHCms,一个针对序序列为基础的解释网站(蓝鳍金枪鱼,一个原始探针数据库。dbMHC员工正在创造了一种全新的数据库,该数据库能容纳一个宽多种HLA的数据,包括
1单核苷酸多态性HLA区域的详细绘图数据。2吉珥基因分析数据3HLA多样性/人类学数据4多基因染色体重组数据5HLA/疾病协会的数据6肽绑定预测数据
MHC的数据库与NCBI资源,以及与国际组织相容性工作组(IHWG的网站充分整合,同时提供与IMmunoGeneTics高层体系结构(HLAIMGT数据库/HLAHLA/疾病协会的数据的链接。
本章提供了一个详细的说明和评论dbMHC电流dbMHC资源内容和数据计算协议。
AdrienneKitts,MichaelFeolo,andWolfgang
具体介绍
HLA基因最重要的功能是处理T细胞,虽然有许多在HLA区域基因有待进行表征,和工作将继续对新基因进行定位和分析MHC(1-4及周边地区。阐明MHC需要大量

的工作,所以引发了一系列的国际组织相容性工作坊/会议(IHWCs。这些会议是对IHWG成因的研究,一群研究人员积极参与项目,导致HLA的社区的数据资源的共享,dbMHC是一个被IHWG构想为永久性的公共档案,NCBI主持和实施。该数据库的目的是扩展。如果你有相关方面的构想,请发邮件到NcBIhelmberg@ncbi.nlm.nih.govMHC数据库的工作人员正在接受在线提交的引物/dbMHC探测器/混合组成部分。提交的数据可以包括打字下列之行为:具体Oligonucleotides序列(SSOs,序列(ssp的具体底漆,登录和/SSP混合,HLA打字工具和测序为基础(蓝鳍金枪鱼dbMHC允许编辑者在任何时间网上提交他们的意见。
dbMHC资源
1含信息框设置和dbMHC的使用。

MHC微卫星数据库
dbMHCms[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mhc/html/STRsearch2.html]包含许多已知的在HLA地区和微卫星的设计是为了寻找描述信息,当关于这些高度heterozygotic有效,短串联重复(STRs用户可以使用dbMHCms提取的信息包括:
1物理位置
2已知的等位基因的数量和长度
3等位基因的图案
4信息量
5杂合度
6引物序列
用户将会发现标记网页上显示的dbMHCms有用,因为他们提供基因的遗传连锁和/或协会与疾病的易感性基因组区域的证据。这种资源是由NCBI在协作与amSalhiFoissac安妮Cambon-Thomsen,由谁来提供原始数据的微卫星在MHC在一系列的更新(17-19dbMHCms将扩展到包括乙方标记在13IHWG车间使用。
基于接口的排序
SBT的界面[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mhc/sbt.cgi?cmd=main]是被用户设计来分析基因
序列信息和提供了一种解释的顺序,包括潜在的等位基因序列的作业和划分成外显子和途径。列可以提交给蓝鳍金枪鱼接口通过复制和粘贴或上传从

文件,或作为单倍体股或heterozygote序列。限制输入电流格式文本或者FASTA-formatted序列。
序列对齐,参考轨迹序列座落在dbMHC等位基因
,基于用户自定义的程度的核苷酸不匹配。在简短的分析中,蓝鳍金枪鱼接口将显示外显子,入子区域,并能每序列。等位基因作业根据匹配顺序列出。核苷酸位置之间分开罗列(在较低帧蓝鳍金枪鱼界面选择后对齐。值得注意的是蓝鳍金枪鱼一个或多个序列介面分析,为一个单一的位置。如果序列thathavegroup-specific从多个位点被提交amplifications相同,一定要使用蓝鳍金枪鱼界面只从一analyzesequences位点的一段时间。
引物/探针数据库
这个数据库[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mhc/probe.cgi?cmd=probe]被设计来提供一个综
合和标准的特征探针和引物,同时也是引物和探针的录像,包含下列技。
1具体寡核苷酸探针杂交2采用序列DNA扩增特定的引物
3SBT为基础的协议。引物/探针器数据库可以用来作为一种参考资源,为探针设计,旨在提供必要的工具数据交换DNA打字,基于上述技术。该数据库组成引物/探测器的界面和一个打字组件接口。每个接口有一个系列交互式的帧,允许用户访问不同的数据库功能。

引物/探针界面
该界面提供对个人使用试剂的量或MHC-relatedMHC基因位点的信息。用户通过多个功能框架内的接口可以访问这些信息。单词引物探针代表SSOsSSPs,SSP混合,碎混合,和他们的组合,其中包括巢式PCR或登录杂交amplificationsgroup-specific巢式PCRgroup-specifi都是基于一种初级放大与一个SSP混合。
引物/探针的选择
选择一个引物的过程开始进入信息/探测器在上层的基本框架引物/探针界面页面。用户输入搜索选项为引物,探针,和混合,哪个通过类型编组,碎碎,SSP(SSP的搭配,而混合、场所、和源(提交机构。引物/探针也可以被选定由进入或全球或当地政府的名称,到搜索域。当这些内容都进入,较低的框架内填与底漆/探针上市。引物/探针,再由用户选择在底漆/探针列表会显示在大型滚动盒(在上层架和可以下载以XML格式。
引物/探针上市

这个功能是发现在较低帧的底漆/探针界面页面。结果引物/选择显示在这里,探测器将会包括一个独特的全球ID、本地名称、来源、场所、和类型为每个引物/探针的结果。全球的名字(全球的每一个结果提供身份证之间的关联引物/探测器的观点或混合视图函数,且复选框与相关各引物/探测器/混合可以被用来生成一列项目在引物/探针接口,为后续的以XML格式下载。
第二条包含全球的id信息。
引物/探针编辑
引物/探测器的编辑功能允许用户输入新的底漆/探讨dbMHC或者允许用户编辑现有引物/探针的数据。但以下三个领域都可以编辑(这些字段是由dbMHC:
1全球ID2版本号
3最后改变日期。
在引物/探针编辑结构,有一种替代输入字段为引物/探针叫做等位基因序列的顺序。如果引物或探头定位设置为逆向,该等位基因将逆向补充序列领域等位基因序列作为显示在对齐产生适当的引物/探针序列。
在提交初级读本/探针数据,用户应该定义的匹配紧绌的引物或探头在退火紧绌的领域。一旦用户已经选择了匹配紧绌,探测器可以被提交。递交一份dbMHC引物/探测器触发开始计算等基因活性的基础上,对本册/探针序列和选择的匹配说服力。这样计算的结果,是一个清单,等位基因,可能是能探测到的提交引物/探针。用户将会发现这个检出率无功等位基因的等位基因表中列出(较低框架
对齐方式,在探针/探针的观点,打开一个序列比对处于较低的框架,这是无功等位基因排列。
无功等位基因列表

列出了活性基因等位体位于较低帧的底漆/探针的界面。它列出了等位基因可能被检测到选定的底漆/探针或混合(3号和4
反应等位基因排列
选择从引物/探针排列角度的结果在显示反应等位基因排列在较低帧的底漆/探针的界面。它体现了等位基因可能被检测到某些底漆/探针或混合结盟,底漆/探针序列。默认情况下,20

等位基因能探测到的引物/探针或混合就会显示。这个框架的反应等位基因对齐也允许一个提交设置或编辑该等位基因活性的底漆/探测器得分在这框架。如果一个提交选择不设置一个反应性成绩,从而dbMHC集申请者反应活性不要编辑得分dbMHC也将计算一个系统反应活性得分引物/探针基于引物/探针序列和与之匹配的说服力。彩色选项框显示dbMHC得分的反应活性,而点引物/探测器的选择框内注明提交的反应活性得分。如果申请者的得分(看表5被设置,而不同于dbMH的分数dbMHC得分改变警告的颜色。
对齐位置探测器的3'结束被记录为每个等位基因。两者的感觉和逆向对齐位置,代表了一种显示如果测点的SSP混合。
只有用户从一个帐户管理员同意将可以编辑或添加额外的
一种反应等位基因等位体缩减到了上市为一个特别的引物/探头或混合。编辑的等位基因活性马克编辑列表,反应活性列表的复选框反应等位基因排列的帧。
混合观点
视图函数的组合位于上框的引物/探针界面和即可通过对全球的链接ID的引物/探针列出页。
它展示了几乎生态区整个的混合数据为选定登录和SSP混合:














本文来源:https://www.2haoxitong.net/k/doc/61eb217d168884868762d6f3.html

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