1、上海华氏大药房有限公司
上海华氏大药房有限公司成立于1998年4月22日，是一家跨省市药品零售连锁企业，公司经营规模不断扩大，销售额呈阶梯式递增，网点数量呈几何级拓展，迄今在上海市网点数达485家。在安徽、江苏、浙江及贵州建立了4家医药零售控股公司，共151家网点，销售和网点数在当地均占有较大的市场份额。华氏大药房拥有一支不断发展的员工与专业人员队伍，药学专业技术人员1000多名，其中执业药师195名，在本市医药零售企业中独占鳌头。门店数和销售额在上海市排名均为第1位,加盟率不到30%,华氏的品牌形象可概括为“具有很高知名度的可信赖的药店品牌”
2、上海复美大药房连锁经营有限公司
上海复美大药房连锁经营有限公司，是上海复星医药（集团）股份有限公司（以下简称复星医药）控股的药品零售连锁企业，于2001年5月正式成立。随着连锁经营定位的正式确立，公司以“优势互补、市场同有、真诚合作、共创辉煌”为宗旨，向周边区域发展连锁经营，规模不断扩大，直营店、加盟店数量不断上升。目前复星大药房仅在上海一地就开出500余家门店，成为上海地区规模最大的连锁药店。2009年正式更名为复美大药房。复星的品牌形象可概括为“具有很高知名度服务较好的中高档药店”
3、雷允上
上海雷允上药业有限公司是上药集团上海市药材有限公司为投资主体成立的大型中药企业，历年被认定为上海市高新技术企业、上海市文明单位，是上海市第一批知识产权示范企业，旗下“雷氏”品牌被认定为中国驰名商标，并以20.8亿的品牌价值荣获中国500最具价值品牌称号。近年来，公司及其品牌先后获得中国百年中药老字号企业、最具价值的上海老商标、上海市出口名牌、上海市装备制造业与高新技术产业自主创新品牌、上海现代服务业百强等荣誉称号。目前店面数达400余家，雷允上的品牌形象可概括为“值得信赖的上海药店领导品牌”加盟+直营模式。
4、上海国大药房连锁有限公司
上海国大药房连锁有限公司是中国医药集团国药控股有限公司下属的药品连锁零售企业之一，是国家食品药品监督管理局批准全国跨省市药品零售连锁企业之一。公司成立后，按照“高起点崛起，差异化进入”的经营发展策略，本着“健康关注，专业服务”的经营理念，以“健康好邻居”为服务品牌，销售和门店规模迅速发展壮大。作为上海市首批通过GSP认证的零售企业，目前已拥有269家“国大”药房零售门店和15000米现代化物流配送中心。全直营模式，国大的品牌形象和华氏类似。
5、上海第一医药股份有限公司
上海第一医药股份有限公司位于中华商业第一街------南京路步行街商业中心。以医药零售为主体，科工贸结合，是一个全面反映上海、全国乃至世界医药最新动态窗口。2001年6月，"第一医药"经过资产重组成为上市公司，并依托现代企业制度的管理模式及创新的企业机制，加快实现"第一医药"连锁经营的规模化、医药一店员的品牌化、批发经营的代理化，立足上海，拓展全国市场，公司经过四十多年的经营发展，已形成了享誉海内外的全国乃至亚洲最大的药店---上海市第一医药商店为龙头的一批名店、特色店和专业店，拥有"化剂元老"、"天平大王"美誉之称的上海长城华美仪器化剂有限公司以及专业经营保健品批发的上海深海保健用品有限公司；上海市第一医药商店连锁经营有限公司获得了跨省市发展连锁的资格，目前新开网点近204家，直营店超一半以上。
6、益丰大药房
益丰大药房是一家全国大型平价药品超市连锁企业。截止2012年底，拥有600余家直营大中型门店，分布于湖南、湖北、上海、江苏、江西、浙江等省市，年经营规模20亿元，全国连锁药店综合竞争力排名第6位，经营品种30000余种，总资产10亿多元，就业人员6000多人。目前上海店面数有100余家店面数，全直营模式，益丰的形象可概括为“可信赖的平价会员药店”。
7、海王星辰
海王星辰，一个随着20世纪90年代中国医药零售业兴起而诞生的名字。从1996年的第一家社区零售药店开始，海王星辰从无到有，从零星闪烁到星罗棋布，实现了从1家到2969家健康连锁药房的嬗变(含持股的健之佳门店458家)。海王星辰连锁药店已成为目前中国大陆直营门店数最多的药店连锁，分布在全国12个省的70多个城市及三个直辖市。目前，海王星辰在深圳、杭州、宁波、苏州、大连、潍坊等城市已经取得绝对领先的市场占有率。
海王星辰药店平均面积120平米，立足社区，主要服务对象为城市社区家庭人口。目前海王星辰全国2969间药店中近50%为医保定点药房，专业的药师团队着力于为社区居民提供高质量的健康服务，同时积极推广预防胜于治疗的健康生活理念。未来，海王星辰将进入中国更多的城市和地区，为更多的中国居民奉献健康便利的品质生活。目前在上海店面数达70余家，加盟+直营模式。
8、上海汇丰大药房
上海汇丰医药药材有限责任公司，系由上海新路达商业集团有限公司与徐汇区新路达集团公司联合共同投资的国有独资企业，在发展市场经营的同时，公司同时设置专门质量管理部门，始终担抓药品质量、严格药事管理，从而公司于2003年上半年取得了国家认可的批发和零售GSP认证资质。汇丰医药药材有限公司在不断做大做强的同时，按照现在企业制度的要求，于2002年成立汇丰大药房，现有店面数58家。全直营模式。
还有其他本地连锁药店规模较小的如，上海老百姓，上海童涵春，上海开心人等
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