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UCSC：一个神奇的网站

原创 2017-03-31 hh2xx 实验万事屋
实验万事屋
微信号 Whateverysearch
功能介绍文献总是乏味，科研一向无聊，“实验万事屋”旨在拯救医界同仁于寂寞无聊，每天坚持抖落科研内幕，分享实验心得，搜集科研资讯，激发您的科研兴趣，传授实用的科研方法和思路。做不做科研，从医之路大不同，在这条布满荆棘的科研道路上，我们与您一路同行。之前介绍的genecards属于一个查看基因信息的网站，但是如果要看一个基因本身具有什么结构，可以受什么调控的话，我觉得用UCSC的Genome Browser就挺好的。我们进入UCSC的界面是这个样子的，我们点击”Genome Browser”即可进入一个基因浏览的页面了。基因浏览的页面一共分为三个部分。这是UCSC页面的第一部分，主要是目的基因结果信息界面。我们可以输入基因名或者序列的位置，即可观察这一部分的基因序列是什么样子的。这是UCSC的基因显示调节界面，我们可以在这里选择我们想看的内容进而进行点击refresh即可刷新。对于第一次接触UCSC的人看到其界面显示的结果会觉得特别的头疼，感觉自己是在看天书一样（反正我当时是看不下去的）。下面我就简单的介绍一下其显示界面怎么看吧。UCSC的基因显示界面，是整个显示内容的总和，其中有一些小标题可以让我们可以看到这些内容是什么部分的。比如下面这个图：我们可以看到在每个内容上都是一个有一个小标题的，只要看懂这个小标题，就可以明白显示的是什么内容了。我们可以通过UCSC下面的基因显示界面，来调节其显示内容，每一

个分类下面都有一堆小分类，我们可以通过小分类的下拉菜单，来选择是否显示这个分类。其中从hide到full显示信息会逐渐的可视化下面就简单的介绍几个UCSC的自己常用的功能吧，其他的大家可以根据自己的需要来进行进行调整1、查看基本序列中GC比例2、如果你要研究lncRNA，一个基因如果要收Inc影响的话，离其最近的Inc一般都是我们可以优先考虑的对象。那我们就可以看一下这个基因附近是否存在Inc。通过在预测中把LncRNA选上以后，我们可以看到其附近是否有Inc及在不同组织中的表达情况是什么样子的。3、如果你要研究SNP，那至少要知道目前有哪些SNP研究发表过吧，那和疾病是否相关吧。通过“Phenotype andLiterature”中的“ Publication”和“OMIN GENES”可以看到。PS：如果你想写一个SNP的meta那是不是我看这些研究过的就行呢？加油吧，我也就只能帮到你们这里了呀。4、如果你要研究乙酰化及去乙酰化的调控作用的话，我是不是要看一个基因有没有相关的H3K4Me1和H3K4Me3富集呢？通过”Regulation ”我们点击”ENCODE Regulation”,会出现这样一个界面。把想要显示的选上，这次我们选择H3K4Me1和H3K4Me3为full。然后就可以看到这个基因是否有H3K4Me1和H3K4Me3富集了。图中为P21是否存在H3K4Me1和H3K4Me3富集的情况。5、如果你要研究DNA甲基化，那你首先要知道这个基因有没有CPG岛是吧。我们在“Regulation”选择”CpG Islands“为”show“那就可以看到是否存在甲基化岛了。如果为P21的结果：UCSC的功能还是很多的，看文献你会发现好多研究一个基因的功能都是从这个基因的基本结构来的。除了芯片会为帮你筛选基因外，观察这个基因的基本结构会让你很有把握的去研究其机制和关于这个基因的调控。如果有兴趣的话可以看一下这个文献（Doi:10.1186/s12943-017-0588-9）,看看一个实验是如何利用生物信息学指导你做每一步过程的。既然一个基因的功能这么重要，那我们要怎么看一个基因序列呢？那就下次再说吧。哈哈。

本文来源：https://www.2haoxitong.net/k/doc/bb1f44d3d5d8d15abe23482fb4daa58da0111c21.html

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