学者霍军亮认为，以城市化与工业化为基本标志的现代化带来农村社会的危机和破产，似乎已被证明是全世界的规律。
（一）乡村治理的现实结构
从中央到地方，中国的政权组织共有五个治理层次，它们是中央、省（区、市）、市（地）、县和乡镇。乡镇是国家在乡村地方设立的基层治理单位。乡镇治理的组织结构，包括乡镇党委、乡镇人大与政府、上级政府在乡镇的职能派出机构（所谓七所八站）、各类协会及社团组织等等。学者郭正林认为，乡镇实质上是“多元共治”，就是以乡镇党委为治理中心，政府组织与社会组织的协同运作。 1、“三位一体”的乡镇政权结构 中国的乡镇政权是乡镇党委——人大——政府的“三位一体”的结构。乡镇党委事实上是乡镇政治、经济和各项事业的主要决策者和制裁者。乡镇人大是乡镇政权的权力机关，由它选举产生的乡镇政府是乡镇的行政中枢组织。乡镇政府既是乡镇人大决议的执行机关，也是落实乡镇党委决策的办事机构。 现行的乡镇组织运作仍然深受人民公社时期实行的“党的一元化领导”的影响。乡镇的实际工作，以新的形式强化了党的“一元化”领导体制，使乡镇政府和经济组织成了乡镇党委的从属机构。特别是现行乡镇政府的组织机构和职能权限，基本上还是五十年代的框架，其运行机制在相当程度上没有摆脱旧体制的惯性。而且，乡镇组织的条块分割严重肢解了乡镇政府的职能，使其处于有责无权并受制于“七所八站”。 （1）以乡镇党委为核心的权力中枢系统 在现行的乡镇治理结构中，乡镇党委是治理的权力中心、决策中心、指挥中心和控制中心。乡镇党委直接受县（或县级市）党委领导，实行集体决策和书记分工负责相结合的领导制度，形成“书记挂帅、分兵把口”的工作格局。乡镇党委权力的合法性来源于中共中央在1999年3月制定和发布的《中国共产党农村基层组织工作条例》。 （2）以乡镇人大为主体的乡镇权力系统 乡镇人大是最基层的国家权力机关，基本的功能就是赋予乡镇政权治理结构的合法性。我国《地方组织法》规定了乡镇人大的12项基本职权，其中最重要的是由它选举产生乡镇政府，听取和审查乡镇政府的工作报告，决定本行政区域内的重大事项。目前，乡镇人大的权力地位和职权都有待提高。在乡镇人大闭会期间，由于其缺乏常设机关，人大主席团难以有效履行法律所赋予的决定权、监督权和任免权。而且在党政不分的情况下，乡镇人大的许多职权实际上由乡镇党委或者政府所代行，人大“橡皮图章”的形象难以根本改变。
（3）以乡镇政府为主渠道的行政体系 乡镇政府是中国最基层的国家行政机关，是国家政策输出的终端，也是整个国家治理系统的基础设施。“上面千条线，下面一根针”的说法表明了乡镇政府在国家行政体系中的基础性和重要性。 乡镇工作一般分经常性工作和非经常性工作。乡镇政府的大量“中心工作”是非经常性工作。乡镇工作的特点是以完成上级布置的“中心工作”为重头戏。为了高效率地完成上级布置的工作任务，乡镇一般实行“书记挂帅、乡长动手、人大主席协作”的三位一体的分工合作的领导方式。由于乡镇政府一直存在人员编制少与上级布置的任务多的矛盾，要求乡镇政府严格按照职能分工、各负其责的行政原则运行，在目前的条件下是不现实的。 2、“条条”与“块块” 迄今为止，我国农村基层仍实行“条块结合”的管理体制。县市下派部门（ “七站八所” 即“条条”）与乡镇政府（“块块”）共同治理乡村。从实践来看，这种体制是造成“条块分割”以及加重农民负担的制度性根源，不适应市场经济发展的需要，应进行根本改造。
“七站八所”的设立及“条块结合”的管理体制是对乡村社会事务实行专业化、计划化和集权化管理的产物，其危害表现为：（1）持久的“条块分割”的矛盾。乡镇一直抱怨上级机关控制着“管财管物和有权有利”的部门，剥夺了自己对乡村事务的管理权力，侵害甚至剥夺自身的权益，而且难以进行有效的监督和协调管理，造成乡镇“牌子大、权力小；责任大、待遇差” 。（2）“七站八所”的扩张和膨胀是造成乡村“食之者众”的重要根源。一方面，不少地方“七站八所”的机构和人员数量远远超过乡镇政府。另一方面，县市及上级各部门不仅常常以加强管理的名义在乡镇和农村基层设立自己的派出机构，争着挤着向基层“插一脚”，造成“七站八所”及机构和人员不断增多，也借助上级部门的权势对乡镇下达各项任务要求，并要求乡镇政府设置相关的部门、确定专门的人员以配合部门工作，迫使乡镇政府不断增加部门和人员。在人员不够的情况下，各乡镇也只能是一人数职，穷于应付，以至于基层牌子“泛滥成灾”。（3）众多的“条条”不仅使乡镇政府不堪重负，最终也使农民群众不堪重负。特别是上级下派机构和部门大都拥有与农民生产和生活直接相关的粮食收购、水电分配、税费征收、土地使用及生产经营等等方面管理权，不少机构在行使管理权力的同时巧立名目“搭车收费”，有的“只收钱、不办事”，甚至“收了钱还乱办事”，对农民的生产和经营横加干涉，乱收费、乱罚款，随意加重农民的负担。取消农业税虽然成功地堵死了乡镇政府和村级组织摊派和收费的渠道，但是，“七站八所”和部门收费的口子依然存在。有不少县直部门甚至不经乡镇和村直接到农村罚款和收费。可以说，现存的“七站八所”及“条块结合”管理的体制不仅是加剧农村管理混乱，也加重农民负担的制度性根源。（4）随着市场经济的发展，一些“条条”及其部门的存在及运行方式日益丧失其合理性。如邮电、金融、农机、农技、文化、广播、经管、客运等等不过是计划管理体制的延续，随着市场经济及改革的发展，这些机构的业务及活动方式也日趋经济化和市场化，已经丧失作为国家机构行使行业政管理的必要性。（5）现存的“条条”和部门均是按乡镇行政区划组建和运作的，在机构设置上强调上下对口，层层节制，分区而治。其结果使各部门的业务工作被行政区划割裂开来，难以实现机构设置和业务管理的优化配置。同时，也使各地方及各部门管理呈现出相当程度的孤立、分散和封闭性，各个乡镇和部门也仅由垂直的行政权力上下联系起来，缺乏横向的联系，一旦上级部门对下派单位缺乏有效的监控，或者垂直领导出现障碍，必然丧失对下派机构行为的有效约束。
3、乡镇与村庄的关系 （1）“官民共治”的特征 乡镇政权的治理属于国家行政的范畴，村民自治具有社区自治的特征。在乡村治理的综合体系中，乡政包含村政的内容，村政渗透着乡政的要素，乡村治理的行为与制度具有“官民共治”混合性质。
（2）乡镇党委与村党支部的关系 乡镇党委与村党支部是领导与被领导的关系。这种领导体制一直是维系国家与乡村社会政治联系的主轴。党支部建在村庄是中国基层政治体制的特色，也是党领导农村工作的制度保障。村党支部是农村各项事业和各种组织的领导核心，实质上是党的执政权在农村社会的贯彻或延伸。乡镇党委对村党支部直接全面的领导，使乡村两级基层党组织结成了类科层制的组织结构，这种结构使得农村基层党组织具有“准政府”的功能特征。乡村党组织系统是中国乡村政治的实际整合中心，这种治理结构决定着乡——村政治关系的基本特征。 （3）乡镇政府与村委会的关系 《村委会组织法》规定，乡镇政府与村委会是指导与被指导的关系，不是科层制意义上的上下级关系。乡镇政府对村委会的权力，不能像乡镇党委对村党支部的那样直接领导，而是要通过指导、协商、合作等行政措施来实现。显然，这种制度设计的着眼点之一是为了减少政府对村委会的行政干预，增强村委会的自治能力，拓展农村社会的自由度。但在现实生活中，乡镇政府干部习惯于把村委会看作自己的下级机构或“腿”，习惯于采取行政命令的方式，这就难免与村委会的自治性质产生冲突和矛盾。而且，国家下达给乡镇政府的硬性任务越多，乡镇政府就越倾向于行政命令的工作方式。因此，乡镇政府与村委会的关系，在形式上是“指导与被指导”的关系，而在实际运作上往往表现为“指挥与执行”的领导与被领导关系。 （4）乡政与村政的两个纽带
在现实的制度框架下，乡政与村政之间依赖两个纽带而连接起来，一是以党组织系统为载体的“党的纽带”；二是以政府系统为组织载体的“行政纽带”。上级强调加强农村基层党组织的核心领导地位和战斗力，目的是通过强化“党的纽带”，来保障村庄不脱离国家政治控制范围，使“村民自治”不至于演变成不受制约的“村堡政治”。这两个纽带自上而下地在村庄社区的交织。村庄二元权力决策之间的矛盾以及调节，在很大程度上取决于上级党政关系及其变化。在实施村民自治的过程中，如何保持和加强农村党组织的核心领导地位，又避免以党代政的弊端，确实是村政制度建设所面临的一个亟待解决的大问题。
（二）乡村治理面临的经济危机 当前乡村社会危机的经济表现为：近年来中西部地区农产品价格下降，农民收入增长缓慢，农民负担日趋沉重，乡村债务恶性膨胀，乡村经济发展难以为继。 1、乡村巨债背后的隐患
农业部1998年的统计表明，全国乡村两级债务共计3259亿元，平均每个乡镇298万元，每个村20万元。另有官员统计，中国乡镇将近5万个，平均每个乡镇负债400余万元，计2200亿元左右。还有基层干部推算，全国近3000个县（市），如平均每个县（市）的债务按2亿～3亿计算，全国农村债务大约在6000亿～9000亿元之间。但有专家学者认为远不止这个数。财政部科学研究所研究员白景明认为，在省级行政单位中，乡村债务总额有的达279亿元，有的省的乡村债务总额超过了这一规模，如果采用取中间值法则估算，全国乡村债务总额不会低于6000亿元。如果采用高值推断，全国可能突破１万亿元。乡村债务占我国ＧＤＰ的比重在5％～10％之间，占我国财政收入的比重在30％～50％之间，乡村债务总额负担实际上已超过长期建设国债负担，在转轨时期已积累成为一个沉重的、影响到国家财政安全和乡村社会稳定的包袱。但目前中国对乡村两级债务总额尚未有完整的统计体系和统计结论。
白景明认为，没有任何一个国家像我国这样轻视地方政府债务管理。西方国家很早就从理论、政策、法律三方面应对地方债务增长，因而时至今日未出现大的问题。我国在转型时期，政绩型评价体制使每一个上级都可能会布置一些短期行为式的任务，而只对上级负责的每一个下级，都可能会执行对农村未来发展构成长期不良影响的决策，这是导致乡村负债恶性膨胀的最根本原因。我国乡村负债的程度已陷入无人控制的困境，上级政府把乡村政府的举债行为看做是一般性经济行为，正是上级政府对乡村负债的漠视，导致了乡村负债的无度和欠债不还。而乡村负债的特点是债权人结构复杂，债务利息高（其借贷利率一般都在15％以上，有的甚至高达20％～30％），债务累积时间长且呈逐年上升趋势。中国社会科学院农村发展研究所课题组调查研究表明，乡村债务已经引发了激烈的农村社会矛盾，“以债抵税”现象普遍存在，乡村政府和组织正常运转受到影响。此外，乡村债务已经使乡村政府和组织提供公共产品和服务的能力受到影响。
2、原税费征收体制存在弊端 学者项继权认为，原税费征收体制存在弊端：一是“多头征收”。农村的农业税、农业特产税、屠宰税、“三提五统”分别由财政、地税和经管等不同部门分别征收；二是“政府征税”。虽然农村税费由不同部门征收，但是，这些部门通常将农村税费征收任务分派给乡镇政府及村民委员会征收；三是“户交村结”。虽然有关文件要求农村税费征收要“户交户结”，征收到户、结算到户，但事实上是由村代征代缴，间接征收；四是“突击征收”，每年夏秋两季，各乡镇及村组干部都展开税费征缴行动，集中时间和力量对税费进行突击征收；五是“行政强制”。一方面对抗拒不交的农民“拔钉子”，对完不成上缴任务的干部克扣工资，给予一定的处罚；另一方面对完不成任务的乡镇政府和村组实行“硬结账”，从下拨款中扣除，而有不少村组及干部则不得不先借款垫解上交。 显然，原税费征收体制是一种“税政不分”、“以政代税”的体制，不仅政府的行政管理权与征税权不分，而且农村基层政府成为征税的主体。在实践中，一些乡村干部百分之七八十的时间投入到完成税费任务之中，难以有效地进行公共管理，也难以给农民提供公共服务，其结果是乡镇政府“种了别人的田、荒了自己的地”。上述体制也是一种“委托代征”的间接征税体制。不仅乡镇政府成为征税部门的执行者，村组也成为税费征收的代理者。由于税费征收机关与纳税者脱节，不可避免地出现征管“盲区”，不可能杜绝村民所反映的税费“分配不公”和“层层加码”的问题，出现随意核定税费任务、转稼负担，出现所谓的“有地无税”、“有税无地”和“平均摊派”等问题。“户交村结”及行政强制迫使村委会及村组干部借贷上交，这是形成村级债务的重要原因之一，且依靠行政手段征收税费不可避免引发干群矛盾。 从历史上看，历代王朝均未能消除农税代征者欺上瞒下、加征加派、从中渔利的弊病，也难以杜绝因上催下抗难以完成粮款任务使代征者陷入倾家荡产、无人应役的境地。在任何社会中，委托者与受托者之间的信息始终是不对称的，委托者也难以对受托者进行有效地监督。过分地放纵和过分地施压都会使受托者的行为发生变异。也正因如此，委托代征有着内在的危险和风险，取消农业税是一种“一劳永逸”的解决办法。对于当前已经陷入财政困难的农业县市来说，如何保障其合理的稳定的财政来源，是取消农税后首先必须解决的问题。否则，农民负担同样可能反弹。当然，取消农业税及农业特产税并不是取消农村所有的税种，更不是不需要独立而高效的农村税务征管机构。因此，对于农村税费征管体制的改革仍然有其现实性和必要性。在中国这样一个农业大国，面对广阔的乡村和分散的农民，征收任务与征管能力之间的矛盾将是永存的，而如何以最小的征收成本取得最大的效益则始终是一个难题，也是中国乡村治理的困难之所在。
（三）乡村治理中的低水平社会关联
学者贺雪峰认为，农村社会处于深刻的危机中，而造成这种危机的，除了经济政治两维因素以外，农村社会关联这一结构性因素也具有不可忽视的影响。
1、村庄社会关联
在每一个特定的社会中，人与人之间都会发生种种并不均质的联系。这些联系构成一系列的结点和凸凹结构，从而使这个特定社会本身复杂化。举例来说，在一个村落社区范围内，人们大都会以家庭为基础，以差序的形式向外推展形成自己的关系网络，这便是费孝通先生所谓的中国乡村社会中的“差序格局”。处于“差序格局”的村落中，人们便依关系远近来建构利益群体，并以这种关系远近来划界展开利益斗争。特定人际联系的性质与深度，决定了人们在为获得利益和声誉所进行斗争中的协作能力与状况。 在当前中国社会，人与人之间社会关联可分为三种类型：（1）传统势力特别是宗族势力依然强大，人与人之间社会关联严重受制于宗族影响的社区，宗族联系超越人与人之间的其他联系，宗族利益成为人与人之间进行划界的主要工具，宗族成为社会中最为显明的结构。（2）经济比较发达，特别是个体私营经济比较发达的农村地区，农村社会经济分层十分明显，农村经济精英因为掌握着大量经济资源，而在一些方面对其他人形成了关系网络上的优势，这时，既存在经济精英内部之间联系强化的趋势，也存在不同精英之间争夺对村民关系主导权的趋势，经济精英开始替代权力精英，普通村民聚集在经济精英们的呼号下面谋求自己的利益和表达他们的意愿。（3）传统迅速消解而经济又不很发达，无论是传统权威还是现代权威都未发展起来，村民在某种意义上既失去传统的关联，又未建立起现代关联。第一类关联为法团主义者所主张；第二类关联“公民社会”论者所主张。无论是哪一种情况，农村社会关联度都十分强劲，农民作为一个集团的意愿，国家不能忽视。特别是这种社会关联已经产生出突生结构的情况下，如在经济发达地区已经或正在出现的“非官方的、非正式的民间经济和组织”，和大量私营企业，再如在某些地区宗族组织的重建等等，都使得这些地区的社会关联呈强势扩展，其对外表达政治社会意愿的能力和对内维持秩序和合作的能力，都大大增强。在当前中国农村的大多数地区，农村社会关联属第三类关联，没有突生结构，这种情况下，无论是对外表达自己的经济社会意愿，还是对内维持内部秩序与社会协作，都相当困难，农村社会处于一种甚至比以前更为软弱无力的困境之中。 2、社会关联影响乡村治理 好的乡村治理应该解决两个方面的问题，一是在与外界的联系中，具有讨价还价的能力，而不沦为任人宰割的羔羊。二是必须协调好内部协作，以经济地解决共同面临的社会秩序和生产合作等问题。
解决以上两个问题，都与社会关联有密切联系。无论是传统还是现代社会关联比较强的农村，特别是存在有突生结构的地方，一定区域农村社会的人们都有可能以一个整体来理性行动。整体行动不仅可以抑制外界的掠夺，而且可以带来廉价的秩序和协作。但是，在社会关联度不高的农村社区，农民作为一个整体行动起来就会十分困难，这个时候，无论是对外界掠夺的抵制还是在内部协作的达成上，都十分困难，社区内部诸多不经济行为比比皆是，乡村治理处于不良状态。具体地说，在农村社会关联度不高的社区，国家对农村社会的超额提取成为可能，社会缺乏抑制这种提取的能力，乡村社会可能因此而将危机向深处转化，国家与社会关系失去了本应具有的弹性互动的韧性，社会地痞也会借助暴力来骚挠农民。而在内部合作方面，大量公益事业无人过问，社会公道不再具有强制力，“各顾各”的村民丧失了对集体事业的热情和集体事业可以为自己带来好处的信心，一些临时的，缺乏长远眼光的事情到处发生。生产合作、公益事业、社会舆论都不再具有价值。 任何一个社会得以存在的基本前提是解决内部的秩序问题。在当前实行村民自治的情况下，由村民选举产生的村委会这一结构应该在抑制上级过度的提取和形成内部的协作上，发挥一些作用。但事实上，在社会关联度较低的农村选举中，一个方面，村民的自由往往是不受其他结构性力量(诸如宗族，经济大户)影响的投票自由，另一方面，每个村民只拥有分散的一票，不足以构成与当选村干部之间的互动，选举出来的村干部并不能从他的得票中感受到真正的力量。有时村民干脆就选那些强悍的人来当村干部。这些强悍的人来当村干部时，他们强烈的个性使他们敢于抵制上级的不良安排。他可能凭借自己的身体暴力和以身体暴力为基础的语言暴力，对村内一些破坏公益的行为进行严厉处罚。有时，这些选举出来的强悍的村干部们，反而将村庄治理得较好，但显然，他很少依靠选举获得了可以治理好村庄的资源与力量。也正因为这些选举出来强悍的村干部们并不从选举中获得什么，他们在村庄治理中就可能有时有益，更多的时候有害，以至村民不久就发现，他们对那些选出来的横行霸道的村干部无可奈何。 在社会转型时期和市场经济的初步发育之下，农村社会充满着骚动不安的气息。乡镇在向村民收取税费时竭泽而渔，村民根本不关心那些日渐沉重起来的村级债务，村干部们也可能因为无长远预期而不负责任。在各级政府都存在短期行为及政策常常不配套的情况下，如何让乡镇政府对人民负责？假若在农村社区，村民之间存有强有力的关联机制，村民具有强大的一致行动能力，情况就可能有些不同。比如在村干部高息借贷上缴提留时，高息可能留下祸患全体村民的理由，就可以让村民一致行动起来，迫使村干部考虑高息借贷的后果。不仅是借贷，而且所有重要的与全体村民利益相关的事项，因为村民强大而一致行为的可能性，致使村干部们不得不慎重对待。选举可以进一步加强村干部对强大而一致行为的村民集团让步。在社会关联紧密的农村社会，大致不会出现明明是将农村推向绝境，村民感到无可奈何，乡村组织得过且过，所有人都眼睁睁看着走向深渊的情况。而在那些社会关联较弱的地区，已经有太多的农村走向了较一般农村危机严重得多且并非非得如此的困境之中。 （四）当前乡村治理模式的政治局限 目前中国政治所面临的是结构性的功能障碍，具体来说，就是其贯彻意志的能力远小于形成意志的能力。经济学家诺斯指出，经济制度的演进要求政治制度从非正式化走向正式化，即依靠法律手段和独立的司法机构来约束统治者及其代理人的行为，否则经济制度将难以得到有效的实施。在乡村基层的实际生活中，制度的实际影响力是极为有限的，在国家设定的制度原则与制度的实际运作之间，存在着明显的不一致。这种制度危机使乡村经济制度变迁可能产生的绩效为乡村政治的结构性障碍所吸纳，从而难以在实际生活中得到体现。
1、乡村治理模式的惯性
学者张鸣认为，历史留给乡村自治的是带有很浓的传统色彩的基层政权，基本上属于任务导向的，只关心税收和秩序的问题，且行政效率低下、结构相对臃肿。现在的基层政权，不仅承担着与传统政府类似的事务，而且还负有领导当地经济发展的职责。结果，一方面“拍脑袋”式的“首长工程”在乡镇甚至村庄遍地开花，造成大多数乡镇陷入了足以令它们破产的债务危机。而且，政府机构自身福利过分依赖“创收”，本身已经使政府行为趋向牟利化。另一方面，刚刚从行政体系中剥离出来的半行政机构，诸如电力、电信、保险等部门理直气壮地走向牟利化，垄断性和强制性地向农民榨取高额利润，它们的行为往往又和基层政府行为搅在一起，强化了政府行为的牟利化趋向。而且，乡村政权仍然带有过去动员体制的色彩，不仅治理架构是划一的半军事化的残余，而且基本的政治运作方式也还是运动式的，以任务导向的政府面对各种上面下来的刚性任务，必须刚性地执行，根本不允许村级架构有任何的讨价还价的余地。
2、“明星村”治理结构的内在矛盾
学者乔新生认为，在中国乡村普遍实行承包制的今天，以华西村为代表的中国明星村的治理模式面临特殊的困难，它必须以社员个人财富的不断增加来证明组织的优越性，而这样做与发展集体组织经济又存在着一定的矛盾。随着明星村的发展壮大，明星村的内部治理结构也发生了倾斜。少数人的决策代替了当初的集体选择，民主的气息逐渐地淡化了。为了防止不同的声音出现，以集体财富的再分配为主要约束机制，辅之以个人崇拜的治理手段被不断强化，这对明星村来说不是一个好的兆头。因为集体主义下的治理结构是建立在最充分民主基础之上的。在集体组织内部必须实行彻底的民主管理。这种民主管理不同于民营企业的内部分权决策，也不同于国有企业的厂长负责制下的职工代表会制度，而是一种绝对的民主体制。在集体组织内部，每一个成员拥有绝对平等的权利，他们通过集体投票决定组织的事务。如果村民的权利无法实现，那么集体主义的灵魂就不存在了。一个只有集体主义的躯壳，而不具备集体主义灵魂的村庄不可能再沿用集体主义的治理结构发展下去。
集体主义的治理结构是建立在一定的道德高地之上的，这种近乎无私的组织结构在险恶的环境中往往有顽强的生命力，因为任何一个成员的生存都必须依赖其他人的帮助，以色列的基布兹就是一个非常典型的例子。在明星村的治理结构中，不是没有集体决策的形式，而是这种集体决策的形式被异化了；不是没有个人财富，而是个人财富与集体财富混淆在了一起，或者说有人故意将个人财富与集体的财富混淆在一起；明星村不是没有集体劳动，而是在集体劳动的过程中，引入了现代企业的治理结构，实行所谓“外圆内方”，而这种现代企业治理结构又在制度上否定了集体经济组织的管理原则；明星村不是不允许个人私欲，而是没有用集体主义的道德原则引导每一个人将个人私欲和集体的发展紧密地联系在一起，或者说，少数人的私欲试图代替大多数人的私欲，集体主义的决策原则失败了。明星村内部民主的异化可能是导致今后明星村衰败的最大原因。
3、乡村自治的二元张力
有统计显示，全国村支部与村委会关系协调并能顺利开展工作的不超过60%。学者霍军亮认为，村“两委”矛盾主要为三种形态：支部“贪政”，即村支部把党的领导绝对化，事必躬亲，村委会不能独立行使职权；村委“揽政”，即村委会事事越权“不让管”，而党支部无原则退让“不愿管”；两委“夺政”，村支书和村主任都想把权力完全集中到自己手里。
造成此种矛盾和冲突的原因主要有：
（1）“公共管理领域”的诱导。安妮·奥罗姆认为，对有着共同目的的两个不同的组织而言，如果双方在职能和权限等方面没有重合，那么都可以按照自己的逻辑运作下去，不会发生冲突。但是，如果双方在职责、权限和管理对象上没有做出明确的划分，存在管理上的公共领域，这些公共领域就构成了不同组织之间的“冲突点”。《中国共产党基层组织工作条例》规定：村支部的主要职责是讨论决定本村经济建设和社会发展中的重要问题。而《村委会组织法》则规定：村中大事应由村民通过村委会、村民代表会议和村民大会等自治组织来决定。这就出现了“公共管理领域”，“村中重要问题”和“村中大事”如何界定没有具体的标准。按照这些规定，村庄中自然就有两个决策中心，一个是村支部，一个是村委会，一旦村支部与村委会的意见不一致，组织间的冲突就不可避免。
（2）传统体制的影响。在计划经济体制下，往往是由乡镇任命的党支部书记决定村中的一切事务。但随着村民自治体制地确立，农村的治理就产生了双重矛盾：一是任命制与选举制的矛盾，即党支部成员由任命产生，而村委会成员则由选举产生，形成了“上级来人找支书，村民有事找主任”的局面。二是二元决策的矛盾，党支部是传统的村务决策实体，而选举产生的村委会要依法行使村务决策权力。民主选举使村主任在村务决策中的位势增高，而传统体制仍然捍卫着党支部书记的优势地位，出现了法律与传统体制、传统观念的矛盾。
（3）权力结构的失衡。“两委”关系的实质是国家行政权力与村民自治权力的关系，是政务与村务的关系，是国家与农民的关系。村党支部不仅是对村庄公共生活进行政治领导，更重要的是扮演了国家行政机构的角色，行使的是国家行政权力，更多的是体现和维护国家利益。而村委会更多的是扮演“村民当家人”的角色，本质上反映的是村民的利益。于是也就出现了两种利益中心和两个权力中心，两委冲突就是行政权与自治权冲突、政务与村务冲突和国家与农民关系紧张的外显。由于两种权力中心之间没有任何缓冲地带，没有设置特殊的“安全阀”，直接导致了两者的正面冲突。
（4）行政指导的错位。在村民自治过程中，行政指导缺乏系统的、规范的政策规定，指导的程序也不完善。在指导中往往又是就事论事，缺乏示范效应，或者以包办代替指导，甚至出现因指导者认识不清、经验不足而导致指导失误，使村委会的组织目标难以实现，大大降低了法律的严肃性和村民对党支部与政府的信任度。
4、乡村自治的弱势地位
学者徐湘林认为，乡村自治的制度安排在实践过程中具有很强的行政主导性，自治权威仍然带有相当程度的官僚化特性，表现为村一级权威来源的转移并不彻底，村党支部仍然是村级权力组织的核心；而村委会的权威仍然依赖于上级党政机关的支持。更重要的是，县乡级党政机关对村级选举拥有具体的指导权，对引起争议的决定拥有实际的裁决权。另外，这种村民民主自治的功能只限于自治组织内部的利益调整。由于权威的依附性和自治规模的限制，村民自治更多是表象性的而不是实质性的。由于相互隔离的、分散的单个行政村落的自治和民主选举自治组织不可能直接影响国家层面的政策选择，难以约束基层政府的行为，故而无法改变农民在社会利益分配格局中的弱势地位。国家通过政府基层行政机构对农村社会的强控制治理模式也没有发生本质上的变化。所以在目前的情势下，中国乡村治理从人民公社体制向村民自治和村民民主选举体制的转型，不能够彻底解决农业、农村和农民在现代化和市场化进程中所面临的发展困境。
5、乡村治理结构的制度性缺陷
乡村治理结构是指乡村治理权力产生、运作与变更的制度安排与组织架构，具体由一系列制度规定。制度由非正式约束和正式约束构成，前者包括道德文化、社会习俗等行为规范，后者包括政治规则、经济规则和契约等。
学者刘晔认为，当前乡村治理处于一种低稳定的结构状态，它不断卷入甚至制造社会冲突。一方面，它与乡村社会的利益处于脱节状态，其权威合法性受到挑战；另一方面，它没有有效连接国家目标与社会目标，其工作效能受到危害。具体来说，低稳定的乡村治理结构通过两个互相关联的特征表现出来。第一个特征是蜂窝状结构的加剧。改革以后，国家的退出使乡村权威获得了自由行动的更大空间，他们强化“集体”财产支配地位，严格控制资源分配权，实际上形成了与国家利益、农民利益关联性很弱的自治体系。这种状况导致第二个特征，即政策执行中变通方式的普遍化和常态化。变通的特点在于非程序化与非规范化，其微妙之处在于似是而非，表面上看，它所遵循的原则及试图实现的目的与国家和上级政府的政策目标相一致，但经过变通后所达到的实际目标就其更深刻的内涵来看则可能与原目标从根本上背道而驰。改革初期，变通作为制度运作的正当方式是为了鼓励各个地方的大胆探索。改革至今，当国家需要重塑权威时，原来推动改革的措施，已经成为乡村治理权威对抗上级政府的手段了。
当前乡村社会的诸多冲突，根源在于乡村治理结构的制度性缺陷。在治理规则方面，乡村权威没有贯彻统一普遍的代表国家的治理规则，相反，乡村治理组织发展出了自己的治理规则，并取代了其他组织的授权有效性，代替宪政组织实现村民的一般权利。由此，村民生活的一般权利并非由抽象意义上的宪法或国家授予，而是在实际意义上由他们所生活的初级治理组织授予。乡村治理组织往往具有在长期实践中被默认的权力，大量成文的或不成文的乡规民约强化了乡村治理组织的这种权力，国家治理规则的刚性被谈化，特殊处理成为乡村秩序的主流特征。乡村治理组织的巨大权力与制度空间表明，在治理规则方面它仍因循乡间的惯例，乡村社会仍在乡村权威的控制之中，尽管各种政治变革改变了权威集团，但近代以来形成的权威与乡村社会的基本结构没有改变，国家与社会的有效整合并没有产生。
乡村治理结构中这种不同于国家治理的“潜规则”，构成了乡村秩序的制度基础，并导致国家政权建设中严重的行政低效性，一种实质上的自治在不必与国家法制发生明显对抗的条件下得以成立。这种潜规则体现在一系列的地方性制度中，并维系着现阶段乡村权力结构的内聚。从财政制度来说，乡村治理组织的税收收缴范围和数量显然不在上级政府的控制中，只要是针对公事工作，公开违背行为并没有经常面临严厉惩处的的风险，多数情况下按照基层自定的原则行事是成功的。所有这些惯例，都方便了基层财政掌握在极少数权威人物手中。而在一般情况下，上级并不追问这种权力是否得当，除非遇到专门的运动或引起广泛的不良影响。同时，一旦破坏这种上下默认的定税权力，基层执行上级指示的效率会更低。这样，国家对财税的支配权，就在不经意中被层层削减。在土地承包方面，1993-1997年间，国家连续下发的文件要求延长土地承包期限，将第一轮承包到期的土地再延长30年，以稳定现有制度。但在乡村两级，土地调整行动仍在按照各地自己的需要展开，延长承包期限的政策遭到变通执行，因为保持调整土地的权力涉及基层组织的存在基础——对资源的控制权，因此乡村治理组织总是用各种借口和方法抵制国家政策的深入，维护自己的控制权。从这个意义上说，“人地矛盾”在很大程度上是默认的不良制度造成的，这种制度使得国家政策在有效解决矛盾方面无能为力。同时，基层组织还积极阻止来自乡村个体的控制权竞争，他们发展出一系列集体经济组织，强调集体资产的管理，以阻止民间经济组织扩大对资源的控制能力。这种集体所有制往往是形式上的，许多基层公务人员的私人需要在制度上被“合理”地纳入公费支出的范围，这使得他们从利益上成为集体所有制的坚实基础。这样，集体所有制在缺乏有效约束的条件下，演变成基层干部群体所有制。最后，当前乡村治理中的人事制度安排与真正意义上的选举尚有相当距离，尽管上级政府有挑选、批准与任命村官的权力，但选人的重要过程却是从基层开始的，被乡村干部不容的人很难在村干部位置上做得长久。基层长期形成的人事更替的程序是：原村班子提名，乡镇政府派人进村考察，取得共识后组织选举，再报乡镇政府批准任命。这种制度事实上将选择权赋予乡村两级治理组织，村民不可能广泛介入。这样，乡村共同利益的内聚通过人事变动得以保存。
潜规则以及作为这些规则体现的地方性制度，使得乡村治理组织构成了一种“隔离地带”，将国家与乡村民众隔开。它既阻止国家管辖权的干预，也使乡村干部滥用职权时国家难以施行有效的监督。当前的乡村治理组织融合了传统乡村权威和官方身份，以形成治理的合法性来源，它不必像绅治模式那样通过对社会公共事务的贡献去获得合法性地位，也不必像政社合一的官僚组织那样，仅仅依赖官方身份行动，它通过实施自己的潜规则，并控制集体财产和资源，建立相互支持的政治网络，巩固并强化了乡村社会的秩序，它通过将国家的治理权形式化和抑制村民参与的实践，将国家和乡村社会的影响降到最低限度，乡村治理已经发展出了一种利益相对独立的政治团体。 6、乡村治理的结构和体制“瓶颈” 从国家政策结构的层面看，因“赶超”发展战略长期积淀形成的城乡“二元”社会结构和对农村仍然区别对待的政策，造成农村的相对贫穷落后。在税负方面，以前的“城乡差别”的税收体制使得了农民比城市人口承担了更多的税负。90年代以来，随着市场体制的不断发展和外资企业的流入，乡镇企业普遍不景气，影响到乡镇企业对农村的反哺能力。在中西部地区有活力的乡镇企业更少，且生产效益差，对农村的反哺能力更为有限。 从行政管理体制的层面看，由于财政权下放、行政承包、和压力型体制的强化，县、乡农村管理体制形成高成本运行的格局。县、乡级政府机构和行政人员普遍过于庞大并不断的自我膨胀，为了生存，乡政府必然需要增加“非规范性收入”以补贴财政支出，其办法是将这些财政缺口通过软约束的“统筹提留”、行政性收费以及各种名目的集资等方式强加在农民的头上。农民与地方基层政府之间的对立和冲突不断升级和恶化，这种情况在中西部较为贫穷的地区尤为严重。 十六大以来新的国家领导集体业已将解决“三农”问题列入重要政治议程。一些相关的具体政策已进入试点推行阶段，同时加大了中央财政对包括义务教育在内的农村公共财政的支持。但是，在国家农村整体政策没有结构性变化以及县乡管理体制没有进行实质性改革的情况下，解决具体问题的具体政策大多遇到执行难的政策瓶颈，触及到了国家宏观政策中的结构性问题，涉及农村治理模式、农村基本政策和管理方式的大幅度调整和创新。只有通过国家政策结构上的重大调整和行政管理体制上的重大改革才有可能彻底解决目前的困境。具体讲，国家的宏观政策必须打破“二元”社会政策基调，进一步改革现有城乡分离的相关政策，允许农村剩余劳动力向城市劳动力市场的合理流动，减少农村人口，加快城市化进程。这些政策必然要涉及到城乡利益结构的重大调整，涉及到乡村治理中国家和乡村社会关系的调整。
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