2003年，非典疫情发生后，党中央、国务院进一步加大了疾控体系建设力度，重点加强了对疾控机构基础设施的投入，初步改善了疾控机构的硬件条件。在经征求20余个部委意见后，我部于2005年印发了《关于疾病预防控制体系建设的若干规定》（卫生部令40号），对加强疾控体系建设和改善工作环境发挥了极大的指导作用。但是该规定对疾控机构自身管理仅作了原则性规定，为此，我部于2009年9月组织制订了《疾病预防控制机构管理的若干规定》，于同年12月起组织制订《关于实施疾病预防控制机构岗位设置管理的意见》，以满足落实医改工作，推进公共卫生服务体系建设，逐步实现基本公共卫生服务均等化的需要；满足全面履行基本公共卫生职责，强化人员准入与管理的需要；满足实施卫生事业单位岗位设置管理和绩效工资，推进疾控机构规范化管理的需要。
2009年12月9日，卫生部疾控局牵头组织疾病预防控制体系建设研究课题组正式启动该项工作，对研究的框架和方法进行了初步讨论，确定由浙江省疾控中心、杭州市疾控中心以及杭州市下城区和拱墅区疾控中心作为起草单位，拟定省、市、县三级疾控中心岗位设置编制。
2010年1月，起草组完成初稿，会同江苏省、市、县疾控中心有关人员进行讨论，作了第一轮修改，疾控局再次组织提出修改和完善建议并修改后，提交全国疾控工作会议征求意见；
2010年2月，根据全国疾控工作会议以及各地反馈的意见进行修改完善；研究制定论证初步方案；形成岗位设置的草稿交由河北、江苏、浙江三省的省及部分市、县(区)疾控中心征求意见；
2011年11月，疾控局再次组织天津、河北、江苏、浙江、陕西和四川省对岗位设置的草稿进一步讨论，12月中旬，完成修改提交疾控局内征求意见；12月下旬，起草组根据疾控局各处反馈的修改意见再次修改；
2012年1月上旬，疾控局召开审稿会，对省、市、县三级疾控机构岗位设置一览表和岗位职责进行审定，完成本稿。
人事部关于印发《事业单位岗位设置管理试行办法》的通知（国人部发〔2006〕70号）
人事部关于印发《〈事业单位岗位设置管理试行办法〉实施意见》的通知（国人部发〔2006〕87号）
人事部、卫生部关于印发《关于卫生事业单位岗位设置管理的指导意见》的通知（国人部发〔 2007〕35号）
卫生部关于印发《各级疾病预防控制机构基本职责》和《疾病预防控制工作绩效评估标准》的通知（卫疾控发〔2008〕68号）
卫生部、国家发展改革委、财政部、人力资源社会保障部、教育部、中央编办《关于加强卫生人才队伍建设的意见》（卫人发〔2009〕131号）
《疾病预防控制体系建设问题与对策研究》（2005年）
《疾病预防控制体系建设规范化管理研究》（2006年）
《疾病预防控制体系三年建设系统评价研究》（2007年）
《疾病预防控制体系建设绩效评估研究》（2008年）
《疾病预防控制机构组织编制规定研究》2000年开始--
注重满足处置危害人民健康的重大疾病和突发公共卫生事件和社会群体健康促进、疾病预防控制等基本卫生防病需求，以及保障公众健康和国家安全等以社会效益为主工作的需要，不考虑从事收费服务项目的岗位。
从提高资源的系统效率、效益出发，遵循区域卫生规划要求，按照各级按行政区划原则上按一个综合性的疾病预防控制中心来设置岗位及测算职数。按照省市县三级疾病预防控制职能和所承担的工作任务，以事设岗、以岗定人。
岗位设置是岗位绩效工资的基础，只有明确岗位设置和岗位职责，才能真正落实岗位绩效工资分配，增强责任意识，将职工与岗位有效结合，注重保证岗位绩效工资分配的科学性。
按照各地工作实际并适当兼顾发展，对各级疾病预防控制中心人员数量及其专业构成作相应规定。强调国家承诺限期控制的疾病、法律法规规定预防控制的疾病和健康监测干预是必须承担的职能和完成的任务；兼顾近年新发传染病的防控、慢性非传染性疾病预防控制和环境危害健康因素的干预等新领域的需要。
研究确定的岗位设置用以指导全国，应具有通用性；各地也可根据具体情况对岗位和职数加以适当调整，在辖区防控工作任务较重的的岗位上适当增加职数；没有防控任务的可以不设；老少边穷地区在岗位准入条件可适当降低；新老人员分别对待。
根据《各级疾病预防控制机构基本职责》（卫疾控发〔2008〕68号）规定的七项基本职责、26项工作任务、78项工作项目和266项工作内容为基础确定“基本岗位职责”。
1. 岗位职责的确定方法：将某项特定工作内容设定为一个岗位。如：根据工作内容“1.1.2.7医院感染因素的监测”设定岗位“医院感染因素监测与控制”。将某几项相近的工作内容设定为一个岗位。如：根据工作内容“4.4.2.1食源性疾病流行病学调查”、“4.4.2.2食源性疾病现场处置”、“4.4.2.3参与污染源控制与消除”设定岗位“食品安全事故流行病学调查”。
2. 岗位职责的确定要求：岗位名称能较为直观反映相应岗位的基本职责；岗位设置秉承精简高效，专业化程度较高的岗位职能单一；全部岗位所承担的职责必须涵盖全部工作内容；岗位名称忽略职务划分，任何岗位的人员都可为负责人；打破旧有的科所划分观念，引入项目管理的理念，根据工作的需要可以选取不同岗位的人员进行组合，形成团队，提高工作效率。
3. 岗位职责的确定结果：最终确定省级155个、市级140个和县级118个基本岗位职责，是各级疾控机构开展工作所需的基本岗位设置。以上岗位按照25个职责类别进行分类。
每一个岗位均相应的对该岗位所承担的职责和任务的具体说明，岗位职责和任务在涵盖相应的工作内容基础上，可以作适当的扩展。在满足现状的基础上，强调岗位对未来的适应，带有导向性。
岗位工作量权重系数：是指将各级疾控机构100%开展并完成各基本岗位确定的各项工作职责所需的工作量设定为“100”，分摊到各个基本岗位上的工作量。其确定方法是：
1. 将权重系数“100”分摊到除党政管理外的其他24个职责类别。每个职责类别内省市县三级疾控机构保持一定梯度；职责类别之间根据各自职责权重有所侧重，如县级疾控机构现场工作相关的职责类别权重较高，而省级疾控机构实验室检验相关的职责类别权重相对较高。结果如下：
2. 各个职责类别中按工作量的权重系数。
任职条件主要包括学历和专业。原则是以最低的准入条件作为岗位任职条件，主要强调新进人员的准入控制。
省级以本科及以上学历为主，县级以大专及以上学历为主，市级介于两者之间；专业以预防医学专业为主，省市县基本类似。
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