第三东京市
你只是逃避而已。在自己被伤害以前先把这个世界拒绝掉。
“Air”（天空）
碇真嗣一个人，低著头站在湖畔。
露出于湖面的电线杆上的一颗绝缘子掉进湖中，涟漪扩散开来。
广播：“东塔第二、第三区今天18时开始封闭。后续作业请在16时30分前处理完毕。”
中央医院第一脑神经科３０３病房物流·明日香·兰格雷。
真嗣站在床边。
真嗣：“美里和绫波都好可怕。明日香，救我，救我吧。”
真嗣：“喂！起来吧！喂！醒来吧！”
他手放在明日香肩上轻摇著。
真嗣：“喂！喂！明日香，明日香，明日～香！！”
开始用力的摇她。
真嗣：“救我，救我啊！„„救我，救救我。就像以前一样的骂我白痴吧！”
更加用力的摇著明日香。
真嗣：“喂！”
这时明日香上衣扣子松开，真嗣看见了她露出来的胸部而屏息著。
真嗣：“啊！”他锁上了病房的门。
真嗣：“呼、呼、呼、„„„、呵、呵、哈、哈、„„”（呼吸声，渐变粗重）
真嗣的喘息声突然迅速停止。
真嗣：“唔嗯！”
他看著自己沾著白色液体的右手。
真嗣：“我„„，真低级。”
第2发令所
正面的萤幕上显示“EVA-01待机EVA-02待机EVA-00抹消EVA-03抹消EVA-04抹消”。
日向诚、伊吹玛亚、青叶茂三人正在谈话。
伊吹：“本部设施出入已全面禁止？”日向：“仍维持第一种警戒状态吗？”
伊吹：“为什么？那个少年已经是最后使徒了不是吗？”
青叶：“没错，应该是把所有使徒都消灭了。”
日向：“今后不是应该恢复和平吗？”
伊吹：“虽然前辈们都不在，这里和EVA要怎么办？”
青叶：“我想NERV这个组织大概会被解散吧！我也不知道我们会变成怎么样就是了。”
日向：“一直到补完计划发动后为止我们都只能待在这里吧！”
显示屏上正在倒数计时。但却正数著。
夜，在某避难所中停著美里的座车。
本来闪烁著的车灯停止了。
美里在里头一面靠著方向盘，一面沉思。
美里：“将有缺陷而且已经完全山穷水尽的人类这个族群，以融合成完全单一个体的形式达成生物上的人工进化。这就是人类补完计划。还真是理想的世界啊！因此委员会还想利用的已不是亚当或者是NERV什么的了，而是EVA啊。这跟加持所推测的是一样的呢。”
“嗡”（方体巨石阵出现时的声音）
上面写著数字的十二块方体巨石由01到12号依顺时针方向成环状顺序出现并列。 